在最新的招股说明书中，京东给自己最高估值246亿美元。福布斯中文网《阿里巴巴估值或低至800亿美元》中，曾对阿里巴巴估值800～1150亿美元。这就意味着，京东的自我估值是阿里巴巴的21%～30%。
看起来不可思议：2013年京东的活跃用户数是阿里巴巴的20.5%，交易额为阿里巴巴的8.2%，同期阿里巴巴净利211亿元，而京东仍然在亏损；平均每个活跃用户每年在阿里巴巴旗下网站的总开支为1074美元，而同期京东平均每个活跃用户的开支则为427美元；每个阿里巴巴用户每年要在其旗下网站消费49次，但每个京东活跃用户每年则仅消费6.8次。
京东唯一表现突出的地方，是其用户平均每次消费的金额为63美元，而阿里巴巴的这一数字是22美元，而这又归功于京东超过60%的产品来自3C和大家电领域，这些产品的单价通常较高，而阿里巴巴的产品覆盖面更为广泛。
那么，到底该如何对京东估值？
一家互联网公司（包括电商）的价值更主要是决定于其在未来的行业地位定位能力，而非短期的利润。这个观点在评估京东时仍然适用。
关于阿里模式和京东模式的前景，业界一直存在争议。偏向于阿里模式的人认为，类似阿里巴巴这样的轻资产模式，扩张能力更强，理论上看它可以无限扩张，只要它能吸引到足够的用户来到它这里，因为对它而言，增加商品种类和为交易履行提供支撑，都是通过社会化的方式来完成的；相反，为了增加交易的规模，京东则必须不停扩张其采购、库存、物流队伍，而这些环节所依赖的资源是有限的，且规模达到一定限度后其管理效率也会下降，另外，当经济波动导致市场需求不足时，京东庞大的物流业务不得不承担高昂的固定成本，而缺乏足够灵活性。
但阿里巴巴模式的劣势是，它在本质上采用的主要是类似广告的收入模式，这让它的成败就取决于用户流量，就像所有以广告为主要收入来源的网站一样，这使得它更容易受到新的热门用户应用的威胁，比如微信。特别是，当整个社会的交易履行成本高昂、甚至供应不足时，阿里巴巴可能无法像京东那样通过增加投资来提高用户的交易体验；而社会信用的广泛缺失，又让其不得不为商品供应方在质量、服务等方面的较差体验买单。
在任何一个行业的早期，类似京东这样一体化的模式有助于快速打开局面，提供计划中的用户价值，就像众所周知的苹果模式，其成功本质上是因为在智能手机的早期阶段，它率先采取一体化的模式（从软件、硬件到应用服务），从而率先定义了智能移动时代。
从中长期看，交易履行和支付会完全社会化，前者会使京东的物流相对优势下降，而两者都会使阿里巴巴的对手们迎来更好的时代，这是为什么马云对腾讯那么紧张的原因——微信将有机会利用其流量优势入侵阿里巴巴的地盘，另外，越来越多的企业会更愿意在自己的官网完成交易，以保持对用户关系的控制，而希望阿里巴巴仅仅扮演流量引导者角色。关于这个问题，请参见尹生之前的专栏文章《马云的愤怒》。
但这种趋势对京东的影响会相对小得多，一方面是因为腾讯已经是京东的大股东，利益上存在一定的一致性，另一方面是因为京东拥有自营的部分——现在自营的比例仍然超过70%，而且估计未来这个比例也会维持在50%左右，只要它不断提高效率，就可以降低用户被各种热门应用吸引带来的冲击。这也是为什么美国投资者似乎更偏向亚马逊，而非eBay，尽管后者的盈利状况比亚马逊好，而且还拥有处于领域地位的Paypal。
另外，通过接受腾讯旗下的C2C业务拍拍，京东进入了淘宝的固有领地，如果它能发挥京东在电商领域的经验，充分挖掘腾讯的流量优势，就可能比过去更快增加活跃用户的数量，并增加他们的消费频次——在这方面它仍然远远不如阿里巴巴。
对两家公司及其代表的商业模式的未来有了初步的认识，就可以对京东进行估值了。可以采用两种模式，一是比照阿里巴巴对其进行估值，难点是要对两家公司不同的收入口径进行转换，一是比照亚马逊。
比照亚马逊：
去年12月24日《京东估值或已攀升至300亿美元》中，综合亚马逊过去4年的估值水平，考虑到增长因素，以及投资人的一般回报预期，对其估值220～300亿美元。不过当时采用的营收额是1000亿元（合161亿美元），而实际上去年京东的营收合112亿美元，因此300亿美元存在显著的高估。
假定京东未来数年的年复合增长率和亚马逊相当，采用亚马逊过去4年的平均市销率1.88，则京东的估值应该介于210亿美元——不过，这是在腾讯没有入股之前的情况。
实际上，腾讯给予京东的估值也是超过了200亿美元的，依据是腾讯虽然为15%的股份仅支付2亿多美元的现金，但加上电商资产和微信等重要入口，其价值可能接近30亿美元。尽管在随后的招股说明书中，京东给自己的公允估值为157亿美元，但这个估值可能并没有考虑腾讯带来的价值增加，以及给二级市场预留了部分空间。
但腾讯入股显然给京东带来了增值：首先是营业额的增加，然后是腾讯拍拍将京东的业务延伸到了C2C领域，这有助于完善其相对阿里巴巴的竞争格局，另外，腾讯过去电商业务的短板是运营，而非流量，而京东的长处是运营，短板是流量，双方正好形成互补。
有腾讯做后盾，京东未来三年的营收复合增长率可望保持在40%以上，同期亚马逊的复合增长率可能在25%上下，三年后京东的增长率将与亚马逊保持一致，那时京东的经营能力将与亚马逊更接近。亚马逊目前的市值相当于2016年预期收入的0.939倍，给予京东同样的预期市销率，则其估值为322亿美元。
即便考虑到目前美国资本市场互联网概念股普遍比较低迷，投资者在悲观的情况下可能会忽视历史和增长因素对估值的影响，即投资者可能会对京东采取同亚马逊目前一样的估值水平。
目前亚马逊对应的2013年营收的市销率已经下降到1.83倍，与之相应的新京东的估值为229亿美元，这个水平足以满足投资机构的回报预期，京东估值可能要达到这个水平，才能满足投资机构的回报预期。
比照阿里巴巴，则需要将京东拆分为物流公司和类似阿里巴巴模式的电商公司。
快递巨头UPS按照去年的收入的市销率为1.68倍，而且其增长率已经下降到个位数，考虑到中国物流业的高速增长，给予京东物流2.5倍的市销率。假定京东物流自给率为75%，按照交易额的10%确认物流部门的收入，则京东物流去年的收入可能超过10亿美元，则京东物流目前的估值大约是25亿美元。
关于京东物流估值的另一个思路，是参照顺丰速递，两家公司都是以自营为主，去年顺丰的收入可能是京东物流的4倍左右，其业务网点是京东的3倍左右，在顺丰去年涉及25%股份的融资中，业界传言其估值可能介于300～700亿元之间，其中间值是80亿美元。
接下来我们估算京东作为一家阿里巴巴模式的电商的价值。京东和腾讯电商去年合计的营收是125亿美元，但是这个收入中包含了采购商品的价格，去除商品的价格后的收入就可以当作阿里巴巴模式收入的近似值。按照10%的毛利率，京东去年的毛利为12.5亿美元，以此作为将京东模式转换为阿里巴巴模式的京东2013年收入。
阿里巴巴的估值介于800～1,150亿美元，治理上的不确定性至少使阿里巴巴的估值下降20%，即如果解决这些因素后，其估值区间会上升到1,000～1,438亿美元，这个区间可以视为京东的估值参照区间（因为京东基本不存在阿里巴巴面临的那些估值折扣因素）。
2013年京东转换后的收入是阿里巴巴的15.8%，假设未来按照转换后的指标京东和阿里巴巴的增长水平保持一致（这是很有可能的），则两家公司理应享有相同的市销率，则京东的对应估值区间为158～227亿美元。加上物流资产的价值，京东的估值区间为183～252亿美元。
这个区间可以视为京东在最糟糕的情况下的估值，即由于规模的增长，管理难度的增加，亚马逊和京东都无法证明其自营为主的模式比阿里巴巴的平台模式更有效率和更有优势，这将导致投资人最后将兴趣从亚马逊、京东模式转向阿里巴巴和eBay模式。
因此，综合起来，京东的估值区间介于183亿美元至322亿美元，246亿美元的自我估值正好处于该区间的中间位置。
不确定因素：腾讯带给京东的价值没有想象中的多；京东的物流部门无法使其在同其他社会化物流公司的竞争中建立优势；京东无法发展足够的社会化物流，并在自有物流和社会化物流之间进行无缝链接；京东无法尽快将非3C和大家电产品的交易比重降低到50%甚至更低；在平台化的过程中不能有效控制品质和服务，从而伤害京东一直努力塑造的差异化优势；盈利能力持续无法改善，可能导致管理层面临更多压力，甚至出现管理混乱。
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